近日,省林科院竹类团队在王海霞研究员带领下,首次破译了雷竹染色体级别高质量基因组,有关成果在国际科学期刊《Scientific Data》以“Chromosome-level genome assembly and annotation ofPhyllostachysviolascens‘Prevernalis’”为题公开发表。该论文以江西省林业科学院为第一单位,王海霞研究员为第一作者。

雷竹(Phyllostachys violascens‘Prevernalis’),是优质笋用竹种,因其笋营养价值、药用价值和味道鲜美被誉为高端食材。近年来,我院致力于雷竹良种选育和高效栽培技术研究与推广,推动雷竹林笋亩产量从800kg提高到2000kg以上,亩产值提高到4万元以上,全省种植面积由不足2万亩增加到26.8万亩,建立了赣东北笋竹产业重点发展区。
然而,长期以来,雷竹有关研究都基于传统手段,其基因组尚未发表,其重要遗传基础、性状改良等受到了极大限制。为此,我院竹类团队经过2年沉着的研究,成功构建了雷竹染色体级别的高质量基因组。雷竹是四倍体植物,其基因组的大小为2156.14Mb,scaffold N50值达到了56.48MB,且有89.09%(1.92Gb)的序列被成功挂载至24条染色体上,注释出了53,558个基因,基因组的BUSCO完整度达到了97.51%。同时,对基因组进行了LAI指数评估,雷竹基因组的LAI评分为20.03,达到了参考基因组水平。通过系统发育树与扩张收缩分析,揭示了雷竹与其他植物的进化关系以及雷竹笋用品质的遗传分子基础。这些发现不仅有助于更深入地理解雷竹的进化历史,还为研究竹笋的生长、发育和品质改良提供了基因组资源与重要依据。


该成果的发表,不仅填补了雷竹基因组研究空白,更为后续雷竹功能基因组学研究与分子育种开辟广阔前景,助力提升雷竹产业科技含量与经济效益,标志着省林科院在竹类基因组学领域迈入新阶段。
《Scientific Data》是国际知名的科学数据开放共享期刊,致力于发表具有重要科学价值的数据集,属中国科学院SCI期刊分区二区Top期刊,具有重大国际影响力。
论文链接:https://doi.org/10.1038/s41597-025-04556-1